Gomarus komt inmiddels al ruim anderhalf jaar geregeld in het nieuws. Dit begon met een groot artikel in de NRC waarin oud-leerlingen van de reformatorische school hun beklag deden over de wijze waarop men met homoseksualiteit en homoseksuele leerlingen om is gegaan. Dat leverde grote problemen op voor de school. De kwestie werd behandeld in de Tweede Kamer en er kwam een uitgebreid onderzoek van de Onderwijsinspectie. Daaruit kwam een kritisch rapport voort waarin stond dat de school een flink aantal dingen moest veranderen. Dat deed de school vervolgens ook.

Het Openbaar Ministerie onderzocht zelfs geruime tijd of er sprake was van strafbare feiten en of men de school kon vervolgen. Uiteindelijk besloot het OM dat niet te doen wat tegen het zere been was van een aantal oud-leerlingen van Gomarus. Zij spanden een artikel 12-procedure aan, waarmee je bezwaar aantekent tegen een beslissing van het OM. In die procedure erkende het gerechtshof dat er voldoende aanwijzingen zijn dat de school zich schuldig heeft gemaakt aan discriminatie. Maar omdat dit al ruim 5 jaar geleden plaatsvond en er daarna geen nieuwe incidenten zijn geweest, is vervolging niet aan de orde.

De school had onder meer als permanent beleid om in gesprek te gaan met de ouders van homoseksuele leerlingen die een relatie hadden. Datzelfde deed men niet bij heteroseksuele leerlingen waardoor er sprake is van discriminatie.

Maar daar bleef het niet bij. Meerdere oud-leerlingen beschuldigen het Gomarus ervan dat ze onder dwang en tegen hun wil zijn vastgehouden in een kamer op school. De leerlingen zouden zijn opgesloten in afwachting van hun ouders die daarna in diezelfde kamer te horen kregen dat hun dochters op meisjes vielen. Een meisje waarbij dat gebeurde, sloot in 2019 al een overeenkomst met het Gomarus waarbij ook een schadevergoeding is uitgekeerd. Volgens de NRC zijn er echter nóg twee meisjes die hetzelfde overkwam. Zij zouden nu met de school in gesprek zijn over een financiële vergoeding.

Het eerste meisje kreeg een vergoeding van ongeveer 1500 euro en voor de andere twee meisjes wordt hetzelfde bedrag verwacht. Onder meer het ministerie van Onderwijs heeft gelobbyd voor de schadevergoeding en de school hier meermaals om gevraagd. Minister Dennis Wiersma van Primair en Voortgezet Onderwijs bevestigt tegenover de NRC dat hij met de school heeft afgesproken dat ze de leerlingen uit eigen zak gaan compenseren.