Sebakaki was op weg naar huis in zijn geboortedorp Nyanza toen hij plotseling werd aangevallen. Volgens David Nkomba, die Sebakaki op zijn fiets vervoerde, vond de aanval rond 18.20 uur. plaats "We waren nog maar vijf kilometer van zijn huis verwijderd toen een motorfiets ons inhaalde. Sebakaki werd van achteren getroffen met een 'panga' [lang Somalisch zwaard] bij zijn nek", aldus Nkomba. "Hij viel van de fiets en werd vervolgens op zijn hoofd geslagen met een ander zwaard." Sebakaki bloedde hevig en raakte buiten bewustzijn. 

Nkomba wist te ontsnappen, maar hoorde de aanvallers schreeuwen: "Je tijd is gekomen, bid maar hard of jouw God je zal redden – je hebt mensen misleid over het leven na de dood gegeven door Issa [Jezus]." Hij herkende een van de aanvallers als Rashid Siriman, een bekende radicale moslim uit Mbale.

Sebakaki werd nog naar een ziekenhuis in Mbale gebracht, maar overleed onderweg aan zijn verwondingen. Zijn vrouw, Nambaluka Sebakaki, verklaarde dat hij al eerder bedreigingen had ontvangen vanwege zijn werk onder moslims. In de maanden juni en juli waarschuwden moslims hem te stoppen met het bekeren van moslims tot het christendom. 'We zijn op de hoogte van de geheime bijeenkomsten die je houdt. Je moet stoppen met preken en het bekeren van onze trouwe moslims tot het christendom, anders zullen we snel je leven komen nemen', luidde een van de berichten die zijn vrouw op haar telefoon had opgeslagen.

Sebakaki was een toegewijd evangelist die actief was in overwegend islamitische gebieden zoals Dhoho, Namatala, Kamonkoli, Sekulo en Mugiti. Volgens zijn pastor, wiens naam om veiligheidsredenen niet wordt vermeld, was Sebakaki getraind in apologetiek en hield hij zich bezig met evangelisatie in deze gebieden. "In januari overleefde hij al een aanval door moslimextremisten na een debat met islamitische geleerden", vertelt de pastor. “Sindsdien vermeed hij debatten en begon hij met openluchtprediking en een discipelschapsklas.”

De lokale politie in Budaka is een onderzoek gestart om de daders op te sporen. Hoewel de grondwet van Oeganda vrijheid van godsdienst garandeert, inclusief het recht om zijn geloof te verspreiden en van geloof te veranderen, blijven christenen in bepaalde regio's, vooral waar hoge concentraties moslims zijn, risico lopen. In Oeganda maken moslims niet meer dan 12 procent van de bevolking uit, met een hoge concentratie in de oostelijke gebieden van het land.