Jonathan werd op 16 maart, toen hij nog 16 jaar was, samen met zijn vader Elier Muir Avila opgepakt nadat zij hadden deelgenomen aan protesten in de Cubaanse stad Morón. Zijn vader werd dezelfde dag vrijgelaten, maar Jonathan bleef vastzitten. Hij werd beschuldigd van sabotage, een misdrijf waarop in Cuba een gevangenisstraf tot vijftien jaar staat.

Volgens zijn familie werd Jonathan ondergebracht in een zwaarbeveiligde gevangenis voor volwassenen. Zijn ouders zeggen dat hij daar lichamelijk en psychisch is mishandeld. Ook zou hij onvoldoende medische zorg hebben gekregen voor een huidaandoening en liep hij verschillende bacteriële infecties op. Door het beperkte voedsel raakte hij ondervoed. Daarnaast kampte hij volgens zijn familie met flauwtes, slaapproblemen, depressieve klachten en desoriëntatie.

Tijdens zijn gevangenschap verspreidden de Cubaanse autoriteiten een foto waarop Jonathan piano speelt. Zijn familie noemt die afbeelding misleidend en zegt dat daarmee een verkeerd beeld werd gegeven van zijn gezondheidstoestand.

Volgens zijn vader kon Jonathan in de gevangenis zijn geloof nauwelijks belijden. Mensenrechtenorganisatie Amnesty International heeft hem daarom aangemerkt als een gewetensgevangene.

Kerk onder druk
CSW stelt dat de arrestatie niet alleen verband hield met de protesten, maar ook met het werk van Jonathans ouders. Zijn vader is voorganger van de onafhankelijke protestantse gemeente Tiempo de Cosecha, die niet is aangesloten bij een door de Cubaanse overheid erkend kerkgenootschap.

De Cubaanse overheid eist dat religieuze organisaties zich laten registreren. Kerken die zonder toestemming actief zijn, krijgen geregeld te maken met toezicht, waarschuwingen en andere beperkingen. Volgens de Amerikaanse Commissie voor Internationale Religieuze Vrijheid was de arrestatie van Jonathan een poging om druk uit te oefenen op zijn vader.

Protesten
De arrestaties vonden plaats tijdens een periode van onrust in Cuba. In verschillende delen van het land gingen mensen de straat op vanwege langdurige stroomuitval en grote tekorten aan voedsel en medicijnen. Ook in Morón werd geprotesteerd. Daarna volgden invallen, arrestaties en verhoren, waarbij volgens Cubaanse media ook minderjarigen werden opgepakt.

CSW roept de internationale gemeenschap op om de behandeling van vreedzame demonstranten, en in het bijzonder minderjarigen, te veroordelen. Uit cijfers van de onafhankelijke Cubaanse organisatie Cubalex blijkt dat alleen al in februari honderden gevallen van intimidatie, willekeurige arrestaties en andere vormen van onderdrukking zijn geregistreerd.