Sinds 2019 zijn er handschriften vermist van de EES. Het gaat om tekstfragmenten uit de tweede of derde eeuw na Christus uit de Bijbelboeken Genesis, Exodus, Deuteronomium, Psalmen, Romeinen en de eerste brief aan de Korinthiërs. "Het zijn vroege fragmenten van het evangelie en andere delen van de Bijbel. De stukken behoren tot een van de vroegste vondsten van het Christendom in Egypte. Ze kennen geen geldwaarde, maar zijn onbetaalbaar en onvervangbaar", aldus Carl Graves. 

Papyrus-specialist en professor Dr. Dirk Obbink is vermoedelijk verantwoordelijk voor de handel in de handschriften. Na onderzoek naar aanleiding van de vermiste Bijbelfragmenten bleken de kostbaarheden verkocht te zijn aan de Amerikaanse winkelketen Hobby Lobby die ze doorverkocht aan het Amerikaanse Bijbelmuseum die in het bezit is van dezelfde familie. EES kon hun rechtmatige eigendom bewijzen en kreeg de oude teksten uit het Oude en Nieuwe testament terug. Obbink wordt voorwaardelijk vastgehouden op verdenking van het verhandelen van de teksten.