Van der Zwaag studeerde filosofie en theologie aan de Vrije Universiteit Amsterdam en promoveerde in 1999 met een proefschrift over artikel 36 van de Nederlandse Geloofsbelijdenis, dat de relatie tussen overheid en religie behandelde.

Van der Zwaag schreef verschillende invloedrijke boeken, waaronder Afwachten of verwachten?, waarin hij kritisch inging op de verschillende visies binnen de gereformeerde traditie over de toe-eigening des heils. Van der Zwaag stelde dat in bepaalde kerken binnen de rechterflank van de reformatorische gezindte niet altijd Bijbels werd gedacht en gepreekt over geloof en bekering, wat leidde tot spanningen.

Zijn boek bekritiseerde de wijze waarop de prediking binnen sommige reformatorische kringen leek af te wijken van de originele gereformeerde leer. Dit leidde tot grote controverse, vooral omdat Van der Zwaag zelf lid was van de Gereformeerde Gemeenten. Als gevolg van de publicatie plaatste men hem onder censuur, wat inhield dat hij niet meer aan het heilig avondmaal mocht deelnemen. Uiteindelijk sloot hij zich met zijn gezin aan bij de Hersteld Hervormde Kerk​.

"Dat is natuurlijk pijnlijk", zei Van der Zwaag twee jaar geleden tegenover het Nederlands Dagblad. "Uiteindelijk heeft het kerkgenootschap waar ik destijds bij hoorde - de Gereformeerde Gemeenten - mij onder censuur gezet. Dat deed zeer. En ook de felheid waarmee mensen reageerden, heeft mij verbaasd. Ik viel niet frontaal een kerkgenootschap aan in mijn boek. Ik wilde het kerkvolk laten weten dat het evangelie ook voor hen is. Gelukkig leven we niet in de zeventiende eeuw, anders had ik misschien op de brandstapel gemoeten."

Daarnaast publiceerde hij werken over Augustinus en de Reformatie, zoals Reformatie vandaag, en had hij verschillende nevenfuncties, waaronder hoofdredacteur van Protestants Nederland en redactielid van Zicht, het tijdschrift van het Wetenschappelijk Instituut van de SGP. Tot aan zijn overlijden bleef hij actief in de journalistiek en theologie, ondanks zijn ernstige ziekte​.

Voor hem was kerkjournalist zijn meer dan alleen zijn baan, zo vertelde hij een paar jaar geleden in gesprek met Groot Nieuws Radio: “Natuurlijk ben ik heel vakmatig bezig met mijn werk als journalist. Mijn missie is ook om het christelijk geloof uit te dragen, niet alleen voor de eigen achterban. Als kerkjournalist was ik best vaak buiten de eigen kring bezig. Ik hield me bezig met de wereldkerk, de oecumene: hoe vertaal je het geloof naar de tijd van vandaag?”

Door zijn werk leerde Van der Zwaag om over grenzen en kerkmuren heen te kijken. "De kennismaking met de wereldkerk heeft mij wel echt gevormd. Als je in Latijns-Amerika, Azië of Afrika bent geweest, besef je dat de kerk in Nederland eigenlijk ook maar een stipje is op de wereldkaart."