Hoekstra was voor zijn periode als organist van de Grote of Jacobijnerkerk ook actief als organist van de Protestantse Gemeente Winsum-Halfambt. Tijdens zijn studie in de Verenigde Staten speelde hij op het orgel van First Church in Oberlin. Hij studeerde onder meer aan het Prins Claus Conservatorium in Groningen waar hij cum laude zijn bachelordiploma wist te halen.

Bij orgelconcoursen wist Hoekstra verschillende prijzen te behalen. Zo slaagde hij erin het Govert van Wijn Concours in 2013 te winnen en won hij het concours Storici del Basso Friuli in 2018.

Afgelopen jaar kreeg de organist te horen dat hij kanker had. Zijn ziekte verergerde dit jaar en afgelopen zondag 27 november overleed hij.