De organisatie stelt dat de Egyptische overheid 'systematisch wetgeving, beleid en gerechtelijke uitspraken toepast die het religieuze leven van niet-moslims onderdrukken'. Dit treft onder meer Baha'i's, Koptische christenen, Jehova's Getuigen, Joden, Koranisten, aanhangers van de Ahmadi Religion of Peace and Light, en ook niet-gelovigen. USCIRF erkent dat 'de Egyptische regering initiatieven ondersteunt die selectief religieuze diversiteit en tolerantie bevorderen', wat als een beperkte vooruitgang wordt gezien. Desondanks voldoet Egypte nog niet volledig aan zijn internationale verplichtingen op het gebied van godsdienstvrijheid.

Religieuze minderheden vormen een kleine groep in Egypte, waar ruim 90 procent van de bevolking soennitisch moslim is. Wetten worden vaak ingezet tegen individuen met afwijkende geloofsovertuigingen. Een voorbeeld hiervan is het geval van de bekeerling Said Abdelrazek, die in juli 2025 werd aangeklaagd wegens "minachting voor de islam" na het online delen van zijn geloof. Tijdens zijn voorlopige hechtenis zou hij herhaaldelijk zijn geslagen door agenten en kreeg hij geen toegang tot gebedsmaterialen of een Bijbel.

Het rapport belicht ook de ongelijke behandeling bij de bouw van gebedshuizen. Meer dan 2.000 aanvragen voor de bouw van kerken en christelijke faciliteiten zijn nog in behandeling, terwijl moskeeën veel sneller goedkeuring krijgen. Alleen al het afgelopen jaar werden ongeveer 926 moskeeën gebouwd of gerenoveerd, aldus het rapport.

De spanningen leiden soms tot geweld. In februari botsten Egyptische veiligheidstroepen met Koptische christenen in het bisdom Helwan. Dit gebeurde naar aanleiding van pogingen van de overheid om een hek te verwijderen rondom land dat bestemd was voor een nieuwe kerk en gemeenschapsgebouw. Volgens de autoriteiten ontbrak het aan de juiste vergunningen, terwijl de lokale Kopten zich afvroegen waarom er niet eerder bezwaar was gemaakt. Op dat moment was de bouw al maanden bezig. De veiligheidstroepen gebruikten traangas om demonstranten te verdrijven, arresteerden meerdere personen en sloopten vervolgens het hek en een tijdelijke houten gebouw waar men samenkwam. 

Ook de verdwijning van Koptische christelijke vrouwen baart zorgen, waarbij volgens USCIRF sprake is van een gebrek aan adequaat onderzoek door de autoriteiten. Een van de genoemde gevallen is dat van Silvana Atef, een jonge Koptische vrouw met een psychische aandoening, die door een man zou worden vastgehouden. Hoewel haar familie haar in oktober 2025 als vermist opgaf, deden autoriteiten weinig om haar zaak te onderzoeken. 

Het rapport uit verder bezorgdheid over de behandeling van niet-gelovigen in Egypte. Tussen juli 2025 en januari van dit jaar zijn minstens 29 personen gearresteerd vanwege sociale media-activiteiten gerelateerd aan atheïsme of kritiek op de islam. Autoriteiten namen naar verluidt laptops en mobiele telefoons in beslag zonder gerechtelijk bevel. Begin dit jaar waren slechts vijf van deze personen vrijgelaten, 23 zaten nog in voorarrest en één is in hechtenis overleden. De niet-gelovigen worden beschuldigd van "aansluiting bij een groep die in strijd met de bepalingen van de grondwet en de wet is opgericht" en "publieke belediging van een religie waarvan de rituelen openbaar worden beoefend". met mogelijke straffen tot vijf jaar gevangenisstraf.

Ondanks de genoemde zorgen zijn er ook enkele positieve ontwikkelingen. De meest opvallende is de invoering van betaald religieus verlof voor christelijke werknemers in de private sector tijdens Pasen. Vóór dit besluit moesten christenen in Egypte vaak kiezen tussen het vieren van Pasen en hun werk-, studie- of maatschappelijke verplichtingen, zo staat in het rapport.