Van de 737 getroffen gebouwen waren ongeveer 450 baptistenkerken. Baptisten vormen slechts 1 tot 2 procent van de totale Oekraïense bevolking, maar zijn de grootste evangelische groep in het land. Dit suggereert een mogelijke doelbewuste aanval op baptisten door Russische strijdkrachten. Sergey Ivanov, een baptistenpastor uit bezet Zuid-Oekraïne, werd bijvoorbeeld door Russische troepen aangehouden. Hij werd ervan beschuldigd samen te werken met Oekraïense autoriteiten en weigerde zijn kerk te registreren volgens de Russische regelgeving. Leden van zijn gemeente meldden dat kerkdiensten werden verstoord en het gebouw gesloten bleef gedurende zijn verhoor.

Igor Bandura van de Oekraïense Baptistenunie benadrukt de omvang van de verwoesting. Hij verklaarde tegenover de Baptist Press: "Alles is vernietigd. Niet alleen kerken, maar ook dorpen en steden; alles is vernietigd. Het leven is er niet meer. Iedereen is vertrokken en alles is verdwenen." Niet alle schade aan kerken is echter doelbewust. Soms betreft het nevenschade als gevolg van aanvallen op andere doelwitten. 

De Russische aanvallen richten zich ook op kerken binnen de Orthodoxe Kerk, de dominante kerkstroming in Oekraïne. De Russisch-Orthodoxe Kerk heeft gedurende de oorlog geprobeerd haar invloed over de Oekraïens-Orthodoxe Kerk te handhaven. Dit heeft ertoe geleid dat veel gemeenschappen zijn overgestapt naar de onafhankelijke, in Oekraïne gevestigde Orthodoxe Kerk van Oekraïne.

In bezette gebieden promoot Moskou geestelijken die loyaal zijn aan Rusland en worden leiders die de loyaliteit aan Oekraïne uitspreken gemarginaliseerd of verwijderd. Priester Serhii Mykhalchuk van de Orthodoxe Kerk van Oekraïne in de Krim meldde herhaaldelijke intimidatie en juridische druk. Rechtbanken bevalen de uitzetting van zijn parochie uit de kathedraal in Simferopol. Autoriteiten namen kerkbezittingen in beslag nadat de gemeenschap weigerde zich te registreren onder Russische religieuze wetten.

In andere gevallen vielen Russische troepen orthodoxe kerken binnen om priesters te intimideren en te vernederen. Volgens de Baptist Press werd een orthodoxe priester ontdaan van zijn kleren, geslagen en door de straten gevoerd, terwijl soldaten hem bespotten met de vraag: 'Waar is jouw God nu?' De priester overleefde de aanval en sloot zich later aan bij de Orthodoxe Kerk van Oekraïne.

Voorvechters van godsdienstvrijheid stellen dat dit patroon een bredere campagne weerspiegelt om een onafhankelijk maatschappelijk middenveld uit te schakelen en te vervangen door instellingen die loyaal zijn aan Moskou. Protestantse gemeenschappen, die lange tijd actief zijn geweest in humanitaire hulp en gemeenschapswerk in Oekraïne, staan onder verhoogde controle van de bezettingsautoriteiten, die hen vaak beschuldigen van banden met Westerse regeringen.

Mensenrechtenwaarnemers waarschuwen voor een toenemende beperking van godsdienstvrijheid in de bezette gebieden. Kerken die niet willen samenwerken met Russische functionarissen worden geconfronteerd met intimidatie, sluiting of verdrijving, terwijl religieuze instellingen die de Russische regering steunen, bevoorrecht worden.