In een podcastinterview zei Welby dat seksuele intimiteit moreel aanvaardbaar is in "stabiele, toegewijde en trouwe" relaties, ongeacht het geslacht van de partners. Deze woorden leidden tot heftige reacties van conservatieve groeperingen binnen de kerk, die hem ervan beschuldigen de leer van de Kerk openlijk te negeren. "Dit is geen kwestie van persoonlijke interpretatie, maar een breuk met de gevestigde leer", zo stelt een vertegenwoordiger van de Alliance, een samenwerkingsverband van Anglicaanse groepen die zich inzetten voor Bijbelse ethiek.

In een brief aan de aartsbisschoppen en bisschoppen, waarover Anglican Ink berichtte, klaagt de Alliance dat “het juiste constitutionele proces niet is gevolgd om af te wijken van de huidige leer of om de liturgie te veranderen". Volgens hen is er sprake van een feitelijke verandering in de doctrine.

De officiële doctrine van de Anglicaanse Kerk stelt dat "seksuele gemeenschap, als uiting van trouwe intimiteit, uitsluitend binnen het huwelijk thuishoort", waarbij het huwelijk wordt gedefinieerd als een levenslange verbintenis tussen "één man en één vrouw". In de pastorale richtlijnen van 2023, opgesteld voor de Prayers of Love and Faith, is dit wederom opgenomen. 

Welby deed zijn omstreden uitspraken in de podcast The Rest is Politics. waarin hij door co-host Alastair Campbell, voormalig woordvoerder van Tony Blair, werd gevraagd of hij seks tussen mensen van hetzelfde geslacht als zondig beschouwt. Welby antwoordde: “Wij zijn tot het standpunt gekomen dat alle seksuele activiteit binnen een toegewijde relatie moet plaatsvinden, ongeacht of die hetero- of homoseksueel is.” Hij voegde eraan toe dat koppels in een geregistreerd partnerschap of huwelijk van gelijk geslacht “welkom moeten zijn in de kerk voor een zegen".

Na de ontstane kritiek bracht het kantoor van Welby een verklaring uit: 'Aartsbisschop Justin gaf een persoonlijke mening die de positie weerspiegelt die hij, de aartsbisschop van York en vele andere bisschoppen tegenwoordig innemen met betrekking tot seksuele intimiteit', aldus de verklaring. 'Hij heeft eerlijk aangegeven dat zijn denken in de loop der jaren is geëvolueerd door gebed en theologische reflectie, vooral via het Living in Love and Faith-proces.'

Welby erkent echter dat “er geen consensus is onder de bisschoppen over dit vraagstuk, en dat de Kerk diep verdeeld blijft". Hij benadrukte zijn “absolute inzet voor degenen die een traditioneel standpunt innemen en een volledige en onbetwiste plaats in de Kerk van Engeland behouden".

Tim Dieppe, hoofd van het Public Policy Team bij de Britse organisatie Christian Concern, reageerde fel: “Het is juist de traditionele visie die de fundamenten van de Kerk van Engeland weerspiegelt. Degenen die afwijken van de leer van de Kerk zouden moeten aftreden. Een oprecht ongelovige kan moeilijk bisschop zijn", aldus Dieppe.