Er is in Vaticaanstad een proces tegen hem geweest, waar hij niet is verschenen om zich te verdedigen. Hij heeft eerder de pauselijke Zwitserse garde, de lijfwacht van de paus, opgeroepen paus Franciscus te arresteren. Viganò heeft ook felle kritiek geuit over de houding van de kerk tegenover de beperkingen die tijdens de opkomst van het coronavirus werden ingevoerd en hij verzette zich tegen meerdere hervormingen die paus Franciscus heeft voorgesteld. Hij heeft tal van conflicten met de leiding van de kerk gehad, onder meer over volgens hem wijdverbreid financieel wanbeleid en het toedekken van misbruikschandalen.

Viganò werd in 1968 tot priester gewijd en trad in dienst bij de Romeinse Curie, de bestuurlijke tak van de Heilige Stoel. Hij bekleedde verschillende functies binnen de Vaticaanse administratie, waaronder secretaris-generaal van de Gouverneur van Vaticaanstad, een positie die hij bekleedde van 2009 tot 2011. In die rol stelde hij financiële misverstanden aan de kaak. Viganò werd in 2011 ambassadeur van Vaticaanstad in Washington.