Zijn type prediking werd opgevat als te somber en te zwaar. Na veel kerkelijke moeite, met gezondheidsproblemen tot gevolg, verliet dr. Wilschut de Gereformeerde Kerken (vrijgemaakt) en maakte hij de overstap naar de Protestante Kerk in Nederland (PKN). In zijn nieuwe boek 'Gebleven en meegegaan' onderzoekt de predikant motieven van gereformeerde belijders, die in de 19e eeuw de Hervormde Kerk trouw bleven en in 2004 meegingen met de PKN. Daarnaast verantwoordt hij zijn keus voor de PKN en roept hij op tot kerkelijke eenheid.

 

"Het onderwijs van Calvijn is een eye-opener geweest. Hij zegt dat je een kerk pas mag verlaten wanneer daar officieel de grondwaarheden van het christelijk geloof worden ontkend en trouwe belijders worden buitengesloten of gedwongen worden om aan goddeloosheid mee te doen. Dat heeft mij aan het denken gezet in de manier waarop ik de PKN benader. Kijk je naar een deel dat een verkeerd uitgangspunt heeft of zie je ook dat er voldoende ruimte is voor evangelieverspreiding? Die ruimte voor evangelieprediking binnen NHK en PKN vormt de rode draad in mijn boek. Zolang dat het geval is, kun je de die niet afschrijven als een valse kerk."

"Ik begrijp hen en tegelijkertijd ook weer niet. Vóór het ontstaan van de PKN (in 2004) was men nog gewoon onderdeel van de Hervormde Kerk, met dezelfde gebreken als de PKN. Als het gaat om vrijzinnigheid binnen de kerk, één van hun bezwaren, was daar vanaf de 19e eeuw in royale mate al sprake van. Met andere woorden, wat voorheen werd verdragen werd ineens onaanvaardbaar. Ja, ook ik heb grote bezwaren tegen het inzegenen van homorelaties in de kerk. Maar binnen de PKN is het zo geregeld dat een kerkenraad hiertoe niet wordt gedwongen. Overigens waardeer ik het zeer dat de HHK opkomt voor het gereformeerde belijden. Toch was mijns inziens de breuk in 2004 niet nodig."

 

"Ik vind het ingewikkeld om door middel van deze beeldspraak over de kerk te spreken. Natuurlijk is de kerk een soort moeder, met al haar zonden en gebreken. Maar ik zou het ziektebeeld niet willen gebruiken. Ziekte kan al gauw als reden worden aangevoerd om je niet te hoeven bekeren. Wel doet een moeder soms verkeerde dingen en heeft ze de taak om het Woord te bedienen aan haar kinderen. Daarom zeg ik: 'blijf je kerk trouw, zolang het kan'. Als de omstandigheden het hadden toegelaten was ik nog steeds onderdeel geweest van de GKv, want alle kerkverbanden die Christus belijden, functioneren als een moeder."

 

"Op papier is er niets mis met de tuchtprocedure in de PKN. Maar de praktijk blijkt weerbarstiger. Dit komt mede door de regel dat  wanneer en kerkenraad afstand neemt van de dominee, die beslissing kan worden teruggedraaid door de classis (een regionaal bestuurskader van de PKN, red.). Wanneer de classis besluit dat er geen tuchtprocedure nodig is, is daarmee een leerkwestie beslist. Daarnaast wil ik benadrukken dat de PKN in belijdende geschriften afstand heeft genomen van dwaalgeesten. Maar de hantering van persoonlijke leertucht blijft een ziek element van de kerk."

Wilschut merkt op dat binding aan een kerkverband jongeren vandaag de dag "geen fluit" meer te zeggen heeft. "Wat er binnen de kerken speelt, kon ik mijn catechisanten niet uitleggen. Terwijl zij bezig zijn met vragen als 'bestaat God?', raast er een enorme storm over de kerk heen. We kunnen alle woeste plannen maken als kerk, maar de prioriteit moet leggen bij investeren in prediking, pastoraat en weten wat er onder jongeren leeft. Vandaar dat ik een extra bijlage in mijn boek heb toegevoegd over 'kerkelijke eenheid'. Het benauwt mij dat een Flevo festival veel populairder is onder gelovige jongeren dan de kerk zelf."