De Limburgse theoloog, geboren in Swalmen in 1957, stond bekend om zijn kritische houding ten opzichte van de katholieke kerk. Hij pleitte voor nieuwe vormen om de kerk in de seculiere samenleving te behouden, onder meer door kerken multifunctioneel in te zetten voor zowel vieringen als andere doeleinden. Nissen had gestudeerd aan het grootseminarie Rolduc en de Katholieke Universiteit Nijmegen.

Vanaf 1998 bekleedde hij de functie van hoogleraar Kerkgeschiedenis aan de Katholieke Universiteit Nijmegen, gevolgd door een periode als hoogleraar Cultuur van het christendom aan de Universiteit van Tilburg. De laatste tien jaar van zijn academische loopbaan gaf hij les in spiritualiteitsstudies (2012-2018) en oecumenica (2018-2021) aan de Radboud Universiteit. In september 2021 ging Nissen met vervroegd pensioen, mede doordat de bureaucratie en competitiedrang hem te zwaar werden.

In 2010 maakte Nissen de opvallende overstap naar de Remonstrantse Broederschap, mede uit onvrede over het conservatieve beleid van paus Benedictus XVI en de misbruikschandalen binnen de Rooms-Katholieke Kerk. Vijf jaar na zijn toetreding tot de Remonstrantse Broederschap werd hij daar zelfs predikant. Hij vond aanvankelijk de ruimdenkende houding die hij miste in de katholieke kerk.

Toch bleek de overstap naar het protestantisme niet blijvend. In 2021 keerde Nissen terug naar de Rooms-Katholieke Kerk, waarbij hij volgens L1 verklaarde: "Ik vergelijk mijn ervaring graag met die van een emigrant: hij of zij verlaat het land van herkomst uit onvrede over de mogelijkheden die daar zijn, vindt die mogelijkheden doorgaans wel in het nieuwe land, maar krijgt na verloop van tijd toch vaak heimwee naar het moederland. Zo verging het ook mij." Tegen dagblad Trouw zei hij in 2022: "door Benedictus ben ik weggejaagd en door Franciscus weer teruggehaald.”

Nissen werd in het voorjaar van 2025 voor het eerst getroffen door een herseninfarct. Na een revalidatietraject herstelde hij redelijk en schreef hij een boek over zijn ervaringen. Begin deze maand trof een tweede herseninfarct hem, waarna de familie besloot tot palliatieve zorg en Nissen afgelopen vrijdag overleed. Zijn uitvaart vindt zaterdag plaats in de Dominicuskerk in Nijmegen.