Ds. Den Butter werd in 1964 in Gorinchem als predikant binnen de CGK bevestigd. Daarna diende hij achtereenvolgens in Bunschoten-Spakenburg, de Canadese zusterkerken in Toronto en Hamilton, Middelharnis, Urk, Driebergen en opnieuw Middelharnis. In 2005 ging Den Butter met emeritaat.

De predikant was voorzitter van de generale synode van de CGK en had een aantal keer zitting in het moderamen (synodebestuur). Ds. Den Butter hield veel Bijbelstudies voor de radio (EO) en leidde reizen naar Israël. Over Israël schreef hij de boeken Zijn trouw aan Israël nooit gekrenkt en Volk tussen eeuwigheid en eenzaamheid. Verder schreef de dominee boeken over onder meer Richteren, Jozua, Zefánja, Jozua, de Filippenzenbrief en Prediker.

Ds. Den Butter heeft de dood in het verleden een aantal keer in de ogen gekeken. "De ene keer kwam ik met een dubbele longontsteking en een bloedvergiftiging op de ic te liggen. En daarna moest ik nog een keer naar de ic, met een salmonellabesmetting", zei hij eerder tegenover het Reformatorisch Dagblad. "Het is altijd een werkelijkheid voor me geweest, de dood is altijd dichtbij. David zegt dat tegen Jonathan: 'Er is maar één schrede tussen ons en de dood.' En dat is echt waar."

Den Butters eerste vrouw Ge Ippel, met wie hij twee kinderen ontving, overleed in 1987. In 1991 hertrouwde de predikant met Marianne van Esch. Sinds 2010 woonde het echtpaar Den Butter in Veenendaal.