Er werden van het boek ruim 35.000 exemplaren verkocht. In 2006 kwam hij in de media met zijn onthulling dat hij niet gelooft dat God bestaat, maar dat God iets is wat gebeurt. Zijn opmerkingen zorgden voor veel ophef. Later schreef hij ook het boek God bestaat niet en Jezus is zijn zoon. Hendrikse vat de Christus op als een mythe. Jezus zou van oorsprong een heidense mythologische figuur zijn die werd gekoppeld aan de historische persoon Jezus van Nazareth.

Alhoewel het volgens Hendrikse aannemelijk is dat Jezus daadwerkelijk heeft bestaan, plaatst hij zijn vraagtekens bij zijn Godheid en alle wonderlijke verhalen, die in de evangeliën staan omschreven. Ook gelooft hij niet in de opstanding, ondanks aanwijzingen daarvoor in de Bijbel zoals 1 Joh 1:22: 'Wie is de leugenaar anders dan hij die loochent dat Jezus de Christus is? Dat is de antichrist, die de Vader en de Zoon loochent.'

Veel christenen waren geschokt door de uitspraken van de 'atheïstische dominee' en roepen de Protestantse Kerk in Nederland (PKN) op om hem af te zetten. Daar trok Hendrikse zich niets van aan. "Ik zou ook niet weten waar ik de kerk nog de gordijnen mee kan inkrijgen," zei hij in 2012 in een interview met Trouw. "Ik ben er niet op uit. Ik zoek de confrontatie niet meer. Ik ben milder geworden."

Een speciaal college startte een onderzoek of hij met zijn boek de fundamenten van de kerk had aangetast. In 2010 besloot Hendrikse niet langer mee te werken aan het onderzoek. Hij voelde er weinig voor om de laatste jaren voor zijn pensioen verwikkeld te zijn in een kerkprocedure. Uiteindelijk kwam de kerkenraad tot de conclusie dat Hendrikse de fundamenten niet had aangetast.

"De opvattingen van Hendrikse kunnen aanleiding zijn voor zowel het kerkelijk als het geloofsgesprek. In dat gesprek is er ruimte de eigen ervaring met en opvatting over God in te brengen," schreven de classesbesturen van de PKN eerder. Een kerkelijke procedure zou geen perspectief bieden omdat het zou leiden tot een langdurige discussie. Er werden dan ook geen verdere maatregelen tegen de predikant ondernomen.

In 2012 ging Hendrikse met emeritaat en daarna predikte hij nog af en toe in Zierikzee. Hendrikse wordt op 3 juli begraven in Middelburg.