De gemeente kwam eerder samen in een hotel en verhuisde recentelijk naar deze locatie vanwege stijgende kosten. De extremisten verstoorden de dienst omdat de kerk volgens hen nog geen vergunning voor samenkomsten op de nieuwe plek. Bovendien verstoort de aanwezigheid van de kerk volgens hen de religieus harmonie in het overwegend islamitische gebied. Bij het incident was politie aanwezig, die greep echter niet in. 

Gewapend met maskers, jassen met het FJI-logo, hoodies en helmen, forceerden de indringers zich rond 7:55 uur naar de hoofdingang van de kerk. Ze scandeerden en riepen, waaronder de jihadistische slogan "Allahu Akbar", en uitten bedreigingen. Er ontstond geduw tussen de menigte en kerkleiders. Volgens een lokaal medium stond de politiechef van Bantul klaar om escalatie van het conflict te voorkomen. TimesIndonesia.com meldt dat de kerk, politie en functionarissen de dag ervoor, op zaterdag 23 mei, hadden gesproken over het voorkomen van potentiële conflicten.

In een video van het incident is te horen hoe een lid van de menigte roept: "Als de politie er niet was, zouden jullie hier niet voor altijd staan. Als de politie jullie langer dan 24 uur alleen laat, zal ik deze kerk in brand steken." Dit soort bedreigingen joegen de kerkgangers angst aan, waardoor zij rond 8:30 uur de kerk verlieten. Een gemeentelid verklaart: "Ze dwongen ons de dienst te stoppen. Er waren veel kinderen en ouderen in de kerk, en de sfeer was zeer gespannen." De indringers benadrukten dat het gebied hoofdzakelijk islamitisch is en dat de aanwezigheid van de kerk de harmonie zou verstoren. 

Op initiatief van regionale autoriteiten vinden er bemiddelingsgesprekken plaats tussen vertegenwoordigers van de kerk, politie én leden van het Islamitische Jihad Front, zo weet Morning Star News te melden. De bewuste kerk telt een kleine 400 leden.