De vrouw in het ambt is momenteel een heet hangijzer binnen de CGK. Behoudende CGK-predikanten vinden dat kerkenraden die vrouwelijke ambtsdragers bevestigen synode-afspraken negeren en zichzelf daarmee buiten het kerkverband plaatsen. De CGK spraken in 1998 uit dat volgens de Bijbel 'het gezaghebbend leidinggeven aan de gemeente aan de man en niet aan de vrouw toekomt'. Van de samenwerkingsgemeenten wordt sinds de synode van 1998 echter verwacht dat zij zich houden aan de minst vérgaande kerkorde. Dat is in deze kwestie die van de CGK.