Moerkerken was een belangrijk en invloedrijk figuur binnen de Gereformeerde Gemeenten. Na zijn opleiding aan de Theologische School diende hij maar liefst dertien jaar lang de gemeente van Nieuw-Beijerland. Daarna vertrok hij naar Gouda. Daarnaast was hij bijna 25 jaar hoofdredacteur van ‘De Saambinder’, het kerkelijk weekblad van de Gereformeerde Gemeente en doceerde hij aan de Theologische School, waar hij later ook rector werd. 

Moerkerken ging in 1996 vanwege gezondheidsredenen met vervroegd emeritaat. Hij bleef wel aan als rector van de Theologische School. Daar nam hij in 2017 afscheid. De predikant bleef ook na zijn emeritaat preken, voornamelijk in Capelle aan den IJssel waar hij zich gevestigd had. In die gemeente werd hij dan ook hulppredikant. Totdat ook dat in 2019 echt niet meer ging. Zijn gezondheid ging al jaren achteruit en toen was ook het preken voorgoed voorbij. 

In september vierde Moerkerken nog zijn vijftigjarig jubileum als predikant in de Gereformeerde Gemeenten. Ter gelegenheid daarvan gaf hij een uitgebreid interview aan het Reformatorisch Dagblad. Hij vertelde daarin al dat het niet goed ging met zijn gezondheid. Hij had nierkanker en had daardoor nog maar één nier die voor slechts acht procent werkte.  Daardoor moest de predikant wekelijks drie keer aan de nierdialyse. Verder had hij al jaren beenmergkanker. “Ik slaap slecht en ben voortdurend moe”, zei hij tegenover de krant. “Het is een wonder dat ik er nog ben.” 

In datzelfde interview blikte de predikant ook vooruit op het naderende sterven: “”Ik besef steeds meer dat ik door de Jordaan moet, net als de kinderen Israëls. De rivier was toen vol aan beide oevers. Bruisend en wild. Hoe zouden ze daardoor moeten? En je weet hoe ze erdoor gegaan zijn, hè? Met de ark. Het besef dat we alleen in de Ark, in de Heere Jezus Christus kunnen sterven, leeft sterk bij me.”