Met de vestiging van de leerstoelen van dr. Aza Goudriaan en dr. Wim Moehn zet de PThU sterk in op de bestudering van de klassieke protestantse theologie. Daarbij richt Goudriaan zich vooral op de bestudering van Theologie en Filosofie ten tijde van de Reformatie en Moehn zich op de bronnen van het gereformeerd protestantisme, denk aan de liturgie, formulieren en gebeden, zoals die in de loop van de tijd zijn gebruikt. Daarnaast betekent de leerstoel van dr. Moehn een versteviging van de band met de Gereformeerde Bond in de Protestantse Kerk in Nederland.