Tijdens het proces draait veel om de affaire die Flynn anderhalf jaar had met Alleigha Botner, destijds eveneens worshipleader bij Christian Life Center in Butler Township. Flynn werkte daar als ingehuurde worshipleader en vrijwilliger. Botner las in de rechtszaal berichten voor die zij voorafgaand aan de dood van Ashley met Flynn uitwisselde.

In die berichten schreef Flynn volgens de aanklager onder meer: 'Ik wil gewoon dat ze dood en weg is.' Ook zou hij hebben geschreven dat hij ’s nachts had nagedacht over manieren om zijn vrouw te doden zonder daarvoor naar de gevangenis te gaan. Uit andere berichten blijkt dat hij wist dat zijn affaire niet strookte met zijn geloof. Zo schreef hij dat hij God uit zijn leven had verbannen, omdat Gods leiding zou betekenen dat hij Botner moest loslaten.

Ook digitale gegevens spelen een belangrijke rol. Een rechercheur van de cybercrime-eenheid verklaarde vrijdag dat gegevens van Flynns Apple Watch, iPhone en AirPods beweging registreerden in de periode waarin hij naar eigen zeggen sliep. Het gaat om de tijd tussen zijn laatste bericht aan Botner rond 00.45 uur en zijn telefoontje naar het Amerikaanse alarmnummer rond 02.30 uur.

De verdediging betwist dat de digitale gegevens bewijzen dat Flynn zijn vrouw heeft gedood. Zijn advocaten stellen dat een inbreker een pistool uit zijn voertuig kan hebben gestolen en Ashley daarmee heeft doodgeschoten. Het moordwapen is niet gevonden. Volgens de aanklager waren er echter geen duidelijke sporen van een inbraak en vertoonde de garagedeur geen beschadigingen.

Flynn zegt zelf onschuldig te zijn. Hij wordt onder meer vervolgd voor moord met voorbedachte rade, moord, het knoeien met bewijsmateriaal en het intimideren van een getuige. De rechtszaak in Miami County is nog bezig.