De komende drie weken zijn alle bijeenkomsten binnen met meer dan dertig personen verboden. Daarbij gelden echter meerdere uitzonderingen. Premier Mark Rutte noemde bij het aankondigen van de maatregelen kerken als voorbeeld van een uitzondering. Dat betekent dat kerkdiensten voorlopig nog steeds honderd mensen mogen ontvangen tijdens een dienst. Ook voor bijeenkomsten buiten zijn extra verscherpte maatregelen aangekondigd. Daarbij mogen maximaal veertig personen tegelijk aanwezig zijn. Of kerken die buiten diensten organiseren ook tot de uitzonderingen behoren, is niet bekend.

Rutte vertelde desgevraagd dat er heel goed is overlegd tussen de overheid en kerken. "Door onze grondwet waren maatregelen rondom kerken altijd al ingewikkeld. Maar er is heel goed en intensief contact tussen kerken en minister Ferd Grapperhaus (Justitie). Dat overleg geeft ons vertrouwen dat het daar kan. Maar natuurlijk moeten we in gesprek blijven met elkaar." 

De premier vertelde dat hij ook met ChristenUnie-leider Gert-Jan Segers heeft gesproken over hoe het in kerken gaat. "Hij vertelde dat het er in zijn kerk heel netjes aan toeging. De handen worden gewassen, de deuren gaan open en ook andere afspraken over bijvoorbeeld zingen worden nagekomen. Dat is volgens mij bij de meeste kerken het geval." Rutte stelt dan ook dat er niet lang is gediscussieerd of er al dan niet een uitzondering voor kerken gemaakt moet worden. Ook voor begrafenissen geldt de uitzondering. Voor bruiloften is dat niet het geval. 

Mogelijk hebben de nieuwe maatregelen wel gevolgen voor andere kerkelijke activiteiten buiten de eredienst. Waar veel kerken juist net weer zijn begonnen met het verenigingsleven, bestaat de kans dat dit teruggeschroefd mag worden. Ook mogen er thuis niet meer dan drie gasten ontvangen worden, wat vanzelfsprekend ervoor zorgt dat huisgroepen en Bijbelstudiegroepen thuis slechts zijn toegestaan met maximaal drie gasten buiten het eigen huishouden.

Er wordt verschillend gereageerd op de uitzonderingspositie voor kerken. "Als de kerken en moskeeën binnen massa's mogen ontvangen, zegt dat veel", reageert journalist en columnist Jan Dijkgraaf op Twitter. Ook Bart Nijman van GeenStijl vindt het onbegrijpelijk dat gebedshuizen wél open mogen blijven. "De kroeg gaat om tien uur dicht maar de kerken en moskeeën blijven gewoon open", schrijft hij op Twitter. "Dit heeft toch geen énkele zin zo?"

Veel christenen zijn juist erg blij dat er een uitzondering gemaakt wordt voor kerken. Dat geldt bijvoorbeeld voor Gert-Wim Dubbeldam. "Heel fijn dat kerken een uitzonderingspositie krijgen wat betreft het bezoekersaantal", meldt hij in een tweet. "Terecht ook. Binnen kerken is het heel goed geregeld." Ook Jan-Jaap van Peperstraten, pastoor in Alkmaar, laat zijn opluchting blijken op het sociale medium. "We hoeven as. zondag gelukkig nog niet gelijk terug naar dertig kerkgangers."